Die Gemeindeleitung wird nach der Verfassung der evangelisch-lutherischen Kirche in Bayern vom Kirchenvorstand vorgenommen. Ihm gehören in St. Johannes neun gewählte und drei berufene Männer und Frauen an; dazu die drei stimmberechtigten und die drei beratenden Mitglieder des Gemeindeteams. Den Vorsitz führt der geschäftsführende Pfarrer Peter Dölfel zusammen mit dem Vertrauensmann oder der Vertrauensfrau.
Der Kirchenvorstand wird alle sechs Jahre neu gewählt. Die am 21. Oktober 2018 gewählten und dazu die an 12. November berufenen Mitglieder sind:
Georg Bothmann
Andreas Hägele
Camilla Hellauer
Stephanie Holzer
Anneliese Lenhard
Johannes Rausch
Andreas Reinecke
Antonia Schick-Spielkamp
Carina Gabriella Schwarz
Victor Tuczek
Christiane Wilde
Zum Kirchenvorstand gehören drei stimmberechtigte Hauptamtliche
Pfarrer Peter Dölfel
Pfarrer Arthur Stenglein
Die zwei nicht stimmberechtigten, beratenden Hauptamtlichen sind
Kantor Johannes Janeck
Diakon Oliver Skerlec
Gewählter Vertrauensmann des Kirchenvorstands:
Dieter Rippel
